oggenc -b 400 -o output.ogg input.flac
Где 400 - битрейт в кб/с. Можно не указывать имя файла на выходе. В таком случае в качестве него будет использовано имя входящего файла с изменённым расширением. В таком случае так же можно указать много входных файлов через пробел. Можно указать по маске, например так:
oggenc -b 400 *.flac
Или даже указать просто имя каталога с входными файлами. Кодировщик автоматически переносит входные тэги в выходной файл. Одна беда - он не может декодировать почему-то mp3... Да и толку от конвертации mp3 в ogg обычно маловато))).
Могу предложить готовый скрипт для Наутилуса. В качестве входного объекта принимает каталог, либо некоторое количество выделенных файлов. В итоге результат помещает во вложенный каталог "ogg" . Если таковой уже имеется, то вместо этого помещает результат в каталог с именем в виде текущей даты и времени, например "2010-08-29 20.16.53".